流域綜合治理計畫
全國經政府公告之養殖漁業生產區面積12,747公頃分布10縣市，屬淹水地區養殖區有7縣市面積8,443公頃，由於該等養殖區地處低窪，且多位於沿海及流域下游，在極端氣候環境下，遭逢颱風及豪大雨常造成淹水，過去8年因水患造成養殖災損達67.7億元，對養殖產業發展影響甚鉅。由於養殖區防洪排水未納入過去的「易淹水地區水患治理計畫（1,160億元）」，對位處沿海低窪地區等天然地理環境不良之養殖區淹水情形，未獲得有效改善。
經檢討前揭治水計畫執行成果與未來規劃後，已將水產養殖排水納入「流域綜合治理計畫」，總統103年1月29日公布「流域綜合治理特別條例」，行政院4月16日核定「流域綜合治理計畫」，水產養殖排水治理經費6年（103-108年）25.5億元，第1期（103-104年）特別預算4.76億元，立法院5月30日審議通過。
漁業署於「流域綜合治理計畫」中，主要規劃在淹水潛勢較高之宜、彰、雲、嘉、南、高、屏等7縣市約8,500公頃養殖區範圍，辦理既有魚塭堤加高、推廣設置循環水設施、排水路整治(含抽水機組進行強排)、清淤及養殖專用海水引水設施興設等工作，以增加養殖區防洪蓄淹能力及蓄淹後強制排水能力，降低產業受水患威脅程度及災損情形，促進養殖產業永續發展。
本計畫排水設計標準達10年重現期距排水量以1日平均排除為原則。預期103年至108年可降低3,400公頃養殖漁業生產地區高淹水潛勢地區水患問題，及提高8,500公頃養殖漁業生產地區淹水耐受力。