沿近海漁業類漁業證明書核發作業規定
中華民國九十三年五月三十一日行政院農業委員會農授漁字第○九三一三四一八五六號令，並自九十三年六月一日生效
中華民國９８年３月２３日行政院農業委員會農授漁字第０９８１３２０６０４號令修正第３點附件一、第１１點附件七一、行政院農業委員會（以下稱本會）為資源管理及因應國際漁業組織實施重要洄游魚種之貿易認證制度，依據漁業法第四十四條第九款訂定本作業規定。
二、重要洄游魚種如下：劍旗魚、黑鮪、大目鮪。
三、沿近海漁業類漁業證明書（以下簡稱漁業證明書）種類：沿近海漁業類劍旗魚漁業證明書（附件一Ａ）、沿近海漁業類黑鮪漁業證明書（附件一Ｂ）、沿近海漁業類冷凍大目鮪漁業證明書（附件一Ｃ）。
四、沿近海漁業類漁業證明書之核發機關如下：
（一）特定漁業：在我國經濟海域作業，漁船屬直轄市或縣（市）政府管理者，由船籍所屬直轄市或縣（市）政府辦理；漁船屬中央主管機關管理，其船籍屬縣（市）者，由本會委辦船籍所在地縣（市）政府辦理；船籍屬直轄市者，由本會漁業署（南部辦公室）辦理。
（二）定置漁業：由定置漁場所屬直轄市或縣（市）政府辦理。
五、直轄市、縣（市）政府於必要時得委託區漁會辦理核發漁業證明書。
六、漁業證明書申請人以經政府核准之國內出進口廠商為限。
七、附加申請輸銷歐盟魚貨來源證明書，另依國內輸銷歐盟魚貨來源證明書作業規定辦理。
八、申請時應檢附證明文件：
（一）共同文件
沿近海漁業類漁業證明申請書乙份（附件二）。（二）個別文件
１、特定漁業捕獲者
（１）魚市場交易資料影本，或依農產品市場交易法第二十一條第四項經直轄市、縣（市）主管機關專案指定或核准漁民直接供應出口或加工者之證明文件。
（２）漁船進出港資料影本。
（３）漁業通訊電台通聯記錄（附件三）或「漁船監控系統」之回報船位紀錄（附件四）或漁船船主報告書（附件五）。
（４）漁船經漁獲物衛生作業評鑑合格證明影本（實施日期另訂）。
２、定置網類漁業捕獲者
（１）捕獲魚貨之定置網類其定置漁業權漁業執照影本。
（２）區漁會所登錄定置網類捕獲該批魚貨之「定置網類捕獲魚貨紀錄表」影本（附件六）或魚市場交易資料影本。
九、申請漁業證明書之魚貨，除主管機關「專案指定或核准漁民直接供應出口或加工者之證明文件」或區漁會「定置網類捕獲魚貨紀錄表」外，需經魚市場交易。
十、漁業證明書自魚貨交易（專案指定或核准）之日起六個月內申請，逾期不予受理。
十一、漁業證明書之有效期限為六個月，其應載明格式內容及需填列之各欄資料，依魚種別詳如附件七Ａ（劍旗魚）、七Ｂ（黑鮪）、七Ｃ（冷凍大目鮪）。
十二、核發機關核發漁業證明書時，應注意下列事項：
（一）應由漁船向所屬漁業通訊電台通報之作業海域位置，或依照「漁船監控系統」回報船位，或由漁船船主提供作業海域之書面資料，審查漁船作業海域。
（二）漁業證明書採漁船單一航次為核發標準，不同航次需分別申請，且漁業證明書限使用一次。如申請核發漁業證明數量低於魚市場交易量，則餘額得於期限內繼續申請核發漁業證明書，其申請範例詳附件八。（另漁業證明書編碼原則及航次紀錄格式如附件九）
十三、申請核發漁業證明書應檢附之文件，倘有不實情形者，除核發之漁業證明書應予撤銷外，並依漁業法第六十五條第五款規定處罰。
十四、直轄市或縣（市）政府核發漁業證明書時，應副知本會漁業署，並依魚貨核發數量統計表格式（範例如附件十）建檔，另以電子郵件傳送本會漁業署主辦單位。
十五、漁業證明書計二聯，第一聯供申請人國際貿易時使用，第二聯供申請人通關時使用。
十六、附加申請輸美劍旗魚合格證明書者，核發輸美劍旗魚合格證明書一聯（附件十一）及供申請人通關使用之劍旗魚漁業證明書一聯。
十七、魚貨完成通關後二個月內，申請人應檢附海關出口報單副本，及沿近海漁業類魚貨售魚銷案申請書（附件十二）向原核漁業證明書之機關辦理核銷。未完成核銷者，該申請人後續之魚貨，得不予核發漁業證明書。
十八、原核發魚貨來源證明書之機關核銷時應於魚貨核發數量統計表中填入銷案日期，並以電子郵件傳送本會漁業署統計。
十九、本會漁業署按月將魚貨核發數量統計表彙整，並於次月五日前函送直轄市、縣（市）政府核對。