關於有一兩個媒體報導有學者對軍艦礁投放疑慮提出看法，漁業署表示投放軍艦礁是增裕沿近海漁業資源非常重要且效益顯著的方式，國內許多專家學者均表贊同與支持，漁業署將持續研議辦理相關的軍艦礁投放工作。
人工魚礁持續研究評估 以確保投放在最適當的地區
有學者質疑投礁可能改變海底環境，造成潮流改變，或可能產生毒性等等問題，漁業署表示，民國63年起開始投放人工魚礁，而自民國89年起，行政院農業委員會將除役的軍艦處理後，投放在人工魚礁區。為瞭解投放後之效益，漁業署自98年起委託中央研究院，針對礁區底質及水深、礁體類型數量及堆疊狀況、底棲生物及魚類資源等項目進行調查評估，並提出是否維持礁區現況，繼續投放魚礁或擴充魚礁區規模之意見，提供漁業署得以將魚礁投在最適當的礁區。預定投放的軍艦礁，軍艦本身必須先行將殘油、廢水、石綿防火墊等可能影響海洋環境及生態的物質全部移除，投放前必需先行選取足夠水深的礁區，經過側掃後確認無其他礁體存在並了解海底情況後，方進行投放工作。因此在適當規劃及評估並妥善考量環境因子之下，軍艦礁投放並不會造成海洋環境改變。
軍艦礁投放 創造沿近海魚貝類快樂的家
漁業署指出，多數專家學者包括水產試驗所及大學教授，對於軍艦礁投放持贊成意見，其創造棲地場及增裕漁業資源的效益有目共睹。針對學者提出軍艦礁投放的意見，本署予以尊重，並列入未來人工魚礁調查評估的參考。