6月15日發布「我國人投資經營外籍漁船(FOC)僱用外籍船員入境防疫措施」，該措施內僅適用經農委會依「投資經營非我國籍漁船管理條例」許可國人投資經營之非本國籍漁船(簡稱FOC漁船)，此類FOC漁船之外國籍船員得依本防疫措施採行下船入境，完成居家檢疫後，搭機離境；另本措施公告前已在港停泊之FOC漁船，其船員欲離境者，得依該措施辦理離境事宜。

對於入港之外籍漁船(包含FOC及非FOC漁船)進港目的僅限於商港區內卸魚，其餘以補給或維修漁船等目的申請者，將不予許可進港；另前述獲准港口卸魚漁船，應依港務公司指泊許可，遵守商港區相關防疫規定，並於卸魚後得於商港區從事加油、加水等民生補給事項，除原船出港離境外，不得離開商港管制區。