漁業署表示，針對「綠色和平組織」(Greenpeace)於10月2日發布「政策愚民，苦漁民」報告，指稱政府漠視海洋資源枯竭，將經費用於擴張我國遠洋漁業產能，與事實不符，目前政府在遠洋漁業資源之養護管理作為均係著重在資源養護與落實執法，並兼顧資源之保育與永續。

政府遠洋漁業經費多用於漁業資源之永續利用，「綠色和平組織」指控與事實不符
　　「綠色和平組織」指控漁業署過去將遠洋漁業預算的75％投注在增加遠洋漁業之產能上，事實上，漁業署過去10餘年來投注在遠洋漁業之經費，主要運用在辦理減船收購、休漁、公海巡護及船員訓練、觀察員派遣、國際組織之參與，以及漁船監控管理等經費已超過51億元，該等經費均係為確保海洋漁業資源得以永續利用之目的所投入，並非為增加我國遠洋漁業之漁撈能力。另有關「綠色和平組織」過去指稱漁業署對遠洋漁船用油補貼金額過高部分，主要係運用於返國整補之遠洋魷釣或秋刀魚漁船，目前魷魚及秋刀魚資源處於健康狀態，增加產能並不違反保育，所捕撈漁獲物，可充分提供國人穩定及優質蛋白質來源，而綠色和平關注之鮪漁船，因長年在海外，返國核配優惠用油相對偏低。
　　此外，為管控我國之漁撈能力，我國自1989年起即採取漁船全面限建，須汰換同噸級舊船始能建造新船，以確保我國籍漁船數不致擴增。至於在我國建造之外國籍漁船部分，依據國內「漁船輸出許可準則」之相關規定，只有在符合區域性漁業管理組織相關規範之下，才同意在國內建造輸出，所以不會增加各區域漁業管理組織管轄水域內之漁撈能力，並同時活絡我國內造船工業之發展。

強化資源保育工作，與各國合作研議養護與管理漁業資源措施
　　至於該組織特別籲請漁業署支持國際上的保育方案，禁用人工集魚器等破壞性漁法，並與各國合作推動將太平洋袋狀公海設立為海洋保育區等作為。漁業署表示，資源保育已是全球潮流，我政府單位亦體認積極參與、建構合理可行的保育措施之必要性，也強調該等保育措施應有合理的科學根據，以期達成兼顧保育及漁業永續的目標。因此，漁業署將持續參與國際漁業組織有關各魚種養護管理措施之制訂過程，本於科學建議的基礎，與各方共同尋求漁業資源的永續利用，並在關閉太平洋袋狀公海與禁用人工集魚器等議題上，與各國合作研商出妥適的解決方案。
　　此外，對於臺灣沿近海或公海之漁業資源狀況及國際養護管理措施等訊息，漁業署均透過各漁會、相關產業公會及協會等管道轉達給國內之業者與漁民，且漁業署尚在南方澳、東港、台東成功等國內主要港口配置有現場人員，除執行相關管理工作外，並扮演傳達前述漁業資源狀況及國際養護管理措施等訊息之角色，此部分倘有未盡完善之處，漁業署亦將切實檢討，並加強宣導工作。

持續為漁業資源之養護管理及永續利用貢獻心力
　　漁業署最後強調，我國是全球主要的漁業資源利用國家之一，作為國際社會的一份子，自當負起責任，對於漁業資源之養護與管理貢獻心力。因此，我國將持續運用有限經費，參與相關區域性漁業管理組織，本於保育生態環境及資源永續立場，積極參與擬訂養護管理措施，並落實國內規範之執法工作，朝向永續利用漁業資源之目標前進。