定義：僅在科學研究、監測或復育之目的下，經主管機關許可，始得進入；或雖允許進入，惟禁止任何會影響或破壞該海域生態系、文化資產或自然景觀之行為。

所包含之海洋保護區區域：

• 東沙環礁國家公園-海域生態保護區
• 墾丁國家公園-海域生態保護區、海域特別景觀區、海底公園
• 澎湖玄武岩自然保留區
• 旭海觀音鼻自然保留區
• 馬祖燕鷗保護區

定義：全面禁止對自然資源或文化資產之採捕（開發）利用行為。

所包含之海洋保護區區域：

• 東沙環礁國家公園-特別景觀區
• 墾丁國家公園-海上育樂區 、海底公園
• 棉花嶼花瓶嶼野生動物保護區(緩衝區)
• 澎湖貓嶼野生動物保護區（緩衝區）
• 宜蘭縣蘇澳漁業資源保育區、頭城漁業資源保育區、彰化縣伸港螻蛄蝦繁殖保育區(核心區)、伸港(二)螻蛄蝦繁殖保育區(核心區)、王功螻蛄蝦繁殖保育區(核心區)、屏東縣琉球漁業資源保育區-杉福潮間帶保育示範區、台東縣富山漁業資源保育區(核心區)、綠島漁業資源保育區等共計8處。

定義：在永續利用前提下，限制某些採捕（開發）利用行為，惟仍容許某些程度的利用生態資源行為。

所包含之海洋保護區區域：

• 東沙環礁國家公園-一般管制區
• 墾丁國家公園-發電廠海域一般管制區及其他海域一般管制區
• 台江國家公園-海域一般管制區(一)和(二)
• 東北角暨宜蘭海岸國家風景區-鼻頭角至三貂角連線以內之海域資源保護區
• 東部海岸國家風景區-綠島海參坪至帆船鼻間海域資源保育區
• 基隆市水產動植物保育區、新北市貢寮和萬里水產動植物繁殖保護區、苗栗縣灣瓦海瓜子繁殖保育區等共計30處
• 相關漁具漁法及特定漁業禁漁區