針對5月29日發生蘇澳籍益昇12號漁船被被日本扣押案，漁業署表示，益昇12號漁船係在八重山群島以南，臺日尚未達成協議之暫定執法線外遭日方公務船扣押，經船主家屬繳交擔保金後，日方已於30日中午12時48分人船獲釋，由於該船未按時回報漁船監控系統（VMS）船位，該署已要求該船立即進港及船長應接受巡防單位訪談，如有違規，將視情節輕重依漁業法規定裁處。

日本已加強取締工作，漁民作業請務必遵守規定
　
　　漁業署說明，我國與日本於今（102）年4月10日簽署臺日漁業協議後，據了解，日方因琉球漁民要求，已增派10艘取締船在暫定執法線外近日本側水域，及該協議適用海域外之水域加強取締工作；經由最近接連4艘漁船被扣案例位置顯示，已有3艘漁船是在八重山群島以南、暫定執法線外海域遭日本扣押，顯示該海域亦為我國漁船傳統作業區域，臺日雙方有必要儘速協商八重山群島以南海域雙方漁船作業安排；在未完成協商前，該署再次呼籲漁民朋友，在海上作業務必遵守臺日漁業協議範圍，並維持在暫定執法線內作業，避免遭日方取締。

　　此外，為保障漁民海上作業安全，避免誤入他國海域引發糾紛，漁業署已建置通報系統，透過對海上作業船位的掌握，隨時聯繫提醒漁船避免發生越界情事；對於刻意關閉船位發報系統訊號或在知情狀況下違規越界捕魚的船隻，漁業署也將嚴格處罰，除視情節輕重依漁業法規定處以扣照或罰鍰之外，並將研議停止核發漁船用油補貼，呼籲漁民朋友應確實遵守作業規範。