有關媒體報導「臺灣珊瑚礁結構完整很壯觀，但卻很少魚」一事，漁業署表示，近年來全球因過度開發、過度捕撈及氣候變遷之影響，造成海洋生態系統改變，因而影響魚種及魚群數量，為維護我國沿近海域珊瑚礁生態系，該署已輔導宜蘭縣、臺東縣、屏東縣及澎湖縣依漁業法第44條規定，訂定距岸12浬內禁止採捕珊瑚及珊瑚礁，並輔導縣市政府劃設水產動植物繁殖保育區，以維護珊瑚礁區生態環境。

　　漁業署說明，按珊瑚礁主要分布在宜蘭、臺東、屏東及澎湖等縣市近岸海域，其位在風景特定區或國家公園海域由其主管機關依其主管法規禁止在管轄海域從事採捕行為，至未在前述海域範圍，則由地方政府依漁業法公告禁止採捕珊瑚(含珊瑚礁)及劃設水產動植物繁殖保育區。

　　漁業署進一步表示，珊瑚礁海域位於風景特定區，依風景特定區管理規則禁止捕採魚、貝、珊瑚及藻類，並由其風景特定區主管機關執行；位於國家公園區域，依國家公園法禁止狩獵動物或捕捉魚類，並由其國家公園區域主管機關執行。

強化查緝違規作業，共創海洋未來

　　漁業署指出，行政院農業委員會與海巡署自99年起共同執行「沿近海漁業管理執法合作專案計畫」，由該署漁建2號漁業巡護船、海巡署艦艇加強海上及岸際取締執法作業，相關縣市政府巡護船亦不定期執行海上非法漁業查緝作業，該署將持續規劃漁業巡護船之巡邏勤務，並請海巡署海巡艦艇及縣市政府巡護船，針對公告禁止採捕珊瑚之海域及水產動植物繁殖保育區加強查緝違規作業漁船，以永續沿近海漁業資源。