有關近期媒體報載政府阻擾兩岸虱目魚契作事，該報導與事實有所出入，漁業署澄清說明，農委會7月29日函請各地方政府轉知轄屬漁業團體或會員，提醒業者在大陸地區從事投資、技術合作及商業行為，應遵守「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」等相關規定，該公文無針對特定對象，臺南市政府8月8日並已發布新聞稿說明政府未限縮兩岸虱目魚契作。漁業署再次強調，兩岸契作如僅係單純促進我國水產品外銷之國際貿易行為，政府樂觀其成，請漁民不要誤解。

　　漁業署進一步說明，我國虱目魚年產量約7萬公噸，8成內銷，外銷量約1萬公噸，以美國及中東地區等為主，中國大陸僅占總出口量1成以下，政府採的發展策略係輔導產業「立足台灣，耕耘全球」，除積極推動地產地消，並每年協助業者參加美國、中東及中國大陸等國際食品展，以維護漁民收入。

　　兩岸虱目魚年契作量2,160公噸，雖僅佔年產量3%，政府仍肯定其有助於穩定部分漁民收入，且因應兩岸虱目魚契作中斷，該署7月11日已邀集虱目魚主要產地縣市政府及產業團體開會研商，依據與會單位說明，兩岸中斷契作主要係受到中國大陸市場仍須開拓及105年產地價格上漲等影響，與政治因素無關。

　　漁業署表示，依據海關進出口統計資料，本年1-6月出口量4,613公噸，較去年同期3,657公噸成長26.1%，其中出口中國大陸23.2公噸亦較去年同期0.4公噸成長6,337%，顯示本年虱目魚在國際及兩岸貿易都有成長，未來政府除精進產業輔導政策，將會持續關切產業發展及協助業者拓展國際市場，以維護漁民收益。