遠洋漁業組掌理事項如下：

1. 遠洋漁業政策與遠洋漁業資源保育政策之規劃、研擬、管理及監督。
2. 周邊水域國際漁業事務之規劃及推動。
3. 遠洋漁船及船員涉外案件之處理。
4. 遠洋漁業雙邊漁業交流合作之規劃及推動。
5. 非我國籍漁船之建造及輸出管理與投資經營非本國籍漁船政策之研擬及推動。
6. 參與國際漁業組織相關業務之規劃及推動。
7. 遠洋漁船特定漁業經營許可與其漁獲監控管理之規劃及推動。
8. 遠洋漁業觀察員計畫與漁業檢查業務之規劃及推動。
9. 非我國籍漁船進入我國港口漁業事項之管理。
10. 其他有關遠洋漁業事項。