1. 柴口分區：
   1. 範圍：柴口浮潛區潛水步道西約400公尺(A1)起志柴口浮潛區潛水步道東約100公尺(A3)間，由A1至A2連線以東，A3至A4連線以西，自平均高潮線向外海延伸至相對於平均低潮線向外海延伸約100公尺沿岸水域。
   2. 保育對象：各類水產動植物。
2. 石朗分區：
   1. 範圍：南寮漁港-南方防波堤(B1)起至石朗浮潛區潛水步道-南約300公尺(B8)間，由B1至B8連線所圍之海域。B4至B5連線距離平均高潮線約290公尺。
   2. 保育對象：各類水產動植物。
3. 龜灣分區：
   1. 範圍：大哥隧道-北向入口(C1)起至大白沙潛水步道(C3)間，由C1至C2連線以南，C3至C4連線以北，自平均高潮線向外海延伸至相對於平均低潮線向外海延伸約500公尺沿岸水域
   2. 保育對象：燕魚、硨磲貝、體長未滿20公分隻龍蝦及殼長未滿5公分之九孔。
4. 環島分區：
   1. 範圍：本縣綠島全島沿岸潮間帶及自平均低潮線向外海延伸200公尺扣除柴口、石朗及龜灣分區之沿岸水域。
   2. 保育對象： 殼長未滿15公分之 硨磲貝、 體長未滿20公分之龍蝦 及 殼長未滿5公分之九孔 。

1. 於本保育區內禁止使用任何方式採捕或危害保育對象，基於學術研究目的或其他必要事項，經本府許可者，不在此限。
2. 於本保育區內禁止攜帶水肺採捕各分區之非保育對象。
3. 於本保育區內從事各項觀光、遊憩、漁撈活動或進行開發等，不得有破壞海洋生物棲地環境之行為。

保護等級分類：

柴口與石朗分區：2
龜灣與環島分區：3