針對媒體刊載「國光石化設廠後，彰化雲林農業大縣，恐將因戴奧辛等汙染排放而灰頭土臉，屆時全台3成稻米、4成蔬菜、豬肉、雞蛋之產地，都將因國光石化而蒙塵」，農委會表示，國光石化投資案目前仍處環境影響評估階段，農委會於環評會議上一直秉持維護農漁業生產環境、保護農產品安全及消費者權利、有效管理農業灌溉用水及堅持自然生態保育的立場表達意見，倘開發案可通過環境影響評估而核准設廠，農委會亦將就其營運對農漁產業及自然生態可能造成之影響，進行嚴格監測與評估，務求其營運係依環評承諾事項予以執行。

防範並加強農作物及畜產品污染之監控
　　據了解，目前彰化大城及芳苑鄉之各項農作物種植面積，前三名依序為水稻（3,264公頃）、落花生（2,684公頃）、甘藷（910公頃），農委會將要求於該地周圍密集設空氣污染監測點進行監測，如有問題發生，將立即依相關法令處置，追究污染來源並責成相關單位賠償。
另外，現行國內豬隻及蛋雞之飼養全程在畜禽舍之內，其飼料及飲水不易受落塵污染；且農委會為預防國產芻料受落塵中戴奧辛之污染，影響國產鮮乳品質，歷年來已持續於彰化縣、雲林縣、嘉義縣、高雄縣及屏東縣等主要酪農生產區與芻料原料種植區，辦理芻料作物及土壤之戴奧辛監測，每年約辦理250件，以保障酪農使用國產芻料之安全。另國內各大奶場如統一、味全、光泉等，為保障其乳品品質，亦不定期針對所使用之生乳進行戴奧辛檢測，以保障消費者食用國產乳品之衛生安全。

維護漁業資源，維護漁民權益
　　為避免國光石化施工及營運時，造成海域之水質、生態污染、漂砂現象產生，在環評階段，農委會即要求開發單位於施工及營運時應作好各項預防及減輕措施，並請經濟部及環保署本於目的事業主管機關及環保主管機關依環評法相關規定之權責，落實追蹤、監督環境影響說明書、評估書及審查結論之執行情形。

維護自然資源，確保永續生態環境
　　另針對國光石化投資案可能對臺灣海峽中華白海豚產生之影響，農委會除已從棲息環境、族群變動趨勢、人為干擾與威脅及環境教育推廣等面向，於環評會議提供意見，有關國光石化工業區及工業港之位址，農委會持續建議應保留大城濕地及中華白海豚南北迴遊之廊道空間。若該計畫案經環評通過，農委會將本於權責要求開發單位及相關目的事業主管機關於其施工與營運期間，對相關地區及海域進行水下噪音、污染物、水質及生態長期監測，以維護自然海域生態。