針對媒體報導菲律賓表示廣大興28號漁船在菲律賓領海作業並關閉航行紀錄器，行政院農業委員會漁業署表示該船確有裝設航程紀錄器（以下簡稱VDR），經檢視該船VDR資料顯示，該船從5月4日自屏東縣小琉球出港，至5月11日拖返期間，VDR均開機正常運作，且航跡資料顯示均在我國專屬經濟海域內，並未進入菲律賓領海內。

　　漁業署表示，依據廣大興28號漁船之VDR資料顯示，該船於5月4日凌晨3時42分出海，先航行前往臺東縣新港漁港外，於5月5日下午4時左右往南南東方向航行，於5月7日上午2時30分左右抵達北緯20度、東經123度海域，航速降為0至1節，推估進行作業，作業期間包括投繩、休息及揚繩，結束後航行至另一漁場再行作業，經檢視該航次於5月7日上午2時30分至5月9日上午8時24分均有作業之航跡，其作業位置界於北緯19度50分至20度10分、東經122度48分至123度25分，該航跡位置均在我國專屬經濟海域，並未進入菲律賓之領海內。

　　漁業署再度表示，於5月9日當日凌晨0時至6時18分，該漁船向西偏南方向航行，航速界於3至8節，6時18分抵達北緯19度57分，東經122度48分時，航向往北，航速降為0至1節，推測係於作業中，至8時24分起往東南東方向航行，航速界於4至5節，至10時12分位置於北緯19度59分、東經122度55分，速度突然增加至10節以上，推測係遭追逐中，至11時24分位置於北緯20度07分、東經123度，航速逐漸降為0，至下午2時30分許，逐漸加速至5節以上，推測係正由添發財38號及軍明興21號漁船先後拖救返台，至5月11日凌晨3時許返抵屏東縣小琉球。

　　漁業署說明，漁船裝設VDR設備係運用GPS天線接收衛星訊號來定位，每隔3分鐘自動紀錄漁船的經緯度，並據以計算航速及航向，因此透過廣大興28號漁船裝設之VDR可完整顯示該船作業海域之經緯度、航速及航向，並據此推測發生槍擊之時間及位置。
漁業署最後表示，廣大興28號漁船遭槍擊經拖救返小琉球後，經解讀分析VDR均正常運作且記錄該航次完整未中斷之航跡資料，其作業地點均在我國專屬經濟海域範圍內，並未進入菲律賓之領海內。

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